功能水也具有很大的局限性，即功能性飲水不能代替藥物治療，其功能僅體現在對人體消化、排泄、血液循環及新陳代謝等部分生理功能的有限強化上，因此，當這些生理功能出現微弱失調時，可適當飲用功能水來緩解癥狀，但它只能作為藥物治療的一種輔助手段。作為商家，不能夸大功能飲水機的功效，功能飲水機不能包治百病，不能取代藥物治療。

另外，質量不過關的功能水機容易造成水的二次污染，使出水水質（主要是細菌學指標）反倒不如進水（自來水）水質好。