飲水機要經常清洗消毒。衛生專家一般建議冬天3個月、夏天1個月清洗消毒一次。在使用人群復雜的公共場所等地方的飲水機，間隔時間應縮短；在使用人群單純的場所如家庭，消毒間隔可略長。

? ? ?可按以下步驟對飲水機進行清洗消毒：

第一步：拔去電源插頭，取下水桶，打開飲水機后面的排污管，排凈余水，然后再打開所有飲水開關放水；

第二步：用適當濃度的檸檬酸溶液（也可用食醋）裝滿飲水機內膽，浸泡30分鐘左右；常喝礦泉水或天然水的用戶，可將飲水機電源打開，加熱熱水膽內的檸檬酸，加快水垢溶解的速度。排凈酸液及溶下來的水垢；再用酒精棉球仔細擦洗內膽及聰明座等處的污垢。如一直飲用純凈水，內膽水垢很少，可省去這一步驟。

第三步：將適量消毒劑溶解到2升左右的水中，再裝滿整個飲水機內膽，并放置30分鐘左右。打開飲水機的所有開關，包括排污管和飲水開關，排凈消毒液。

第四步：用7-8升的清水連續沖洗飲水機整個腔體，打開所有開關排凈沖洗液。